一般病棟入院基本料7対１ / 亜急性期入院医療管理料 / 療養病棟入院基本料 / 重症者等療養環境特別加算/診療録管理体制加算 / 褥瘡患者管理加算 / 救急医療管理加算 / 乳幼児救急医療管理加算 / 薬剤管理指導料 / ニコチン依存症管理料 / 無菌製剤処理料 / 外来化学療法加算１ / 急性期看護補助体制加算１ / ペースメーカー移植術 / ペースメーカー交換術 / 体外衝撃波胆石破砕術 / 体外衝撃波腎・尿管結石破砕術 / 麻酔管理料 / 検体検査管理加算（Ⅰ）（Ⅱ） /コンタクトレンズ検査料１ / 単純CT撮影及び単純ＭＲＩ / 脳血管疾患等リハビリテーション料（Ⅰ） / 運動器リハビリテーション料（Ⅰ） / 呼吸器リハビリテーション料（Ⅰ） / 入院時食事療養（Ⅰ） / 特別食加算 / 医療安全対策加算１ / 歯科疾患総合指導料１ / 歯科治療総合医療管理料
各種機関指定等西美濃厚生病院は、下記の学会により専門医（認定医）、教育病院などの指定を受けています。 日本内科学会 / 日本消化器癌学会 / 日本肝臓学会 / 日本呼吸器学会/日本アレルギ－学会/日本消化器内視鏡学会/日本感染症学会/日本外科学会 / 日本消化器外科学会 / 日本整形外科学会 / 日本泌尿器科学会 /日本小児科学会 / 日本麻酔科学会/日本病院会 / 日本口腔外科学会
医療設備CRシステム / 超音波診断装置 / MRI / 一般撮影装置 / X線テレビ装置 / 多目的デジタルX線装置/画像管理システム/ガンマカメラシステム / マルチスライスCTスキャナー / 体外衝撃波結石破砕装置 / 電子内視鏡 / 核医学支援システム / 乳房撮影装置 /肺機能測定システム/全自動血液ガス分析装置/全自動生化学分析装置/多項目自動血球分析装置